答：按照《财政部 税务总局关于明确先进制造业增值税期末留抵退税政策的公告》（2021年第15号）和《国家税务总局关于取消增值税扣税凭证认证确认期限等增值税征管问题的公告》（2019年第45号，以下简称45号公告）第三条的规定，计算允许退还的增量留抵税额的“进项构成比例”，为2019年4月至申请退税前一税款所属期内已抵扣的增值税专用发票（含税控机动车销售统一发票）、海关进口增值税专用缴款书、解缴税款完税凭证注明的增值税额占同期全部已抵扣进项税额的比重。同时，在上述期间存在进项税额转出情形的，计算“进项构成比例”时，无需就纳税人在该期间内按规定转出的进项税额部分进行调整。
举例说明：某先进制造业纳税人2019年4月至2021年4月取得的进项税额中，增值税专用发票1000万元，海关进口增值税专用缴款书1200万元，航空旅客运输凭行程单抵扣进项税额200万元，农产品收购发票抵扣进项税额100万元。2020年12月，该纳税人因产成品非正常损失，此前已抵扣的增值税专用发票中，有50万元进项税额按规定转出。该纳税人2021年5月申请先进制造业留抵退税时，进项构成比例的计算公式为：（1000+1200）÷（1000+1200+200+100）×100%=88%，按规定转出的50万元进项税额不参与计算。
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